Dem Verwaltungsrat obliegen die Leitung der Gesellschaft und die Überwachung der Geschäftsführung. Er vertritt die Gesellschaft nach aussen und besorgt alle Angelegenheiten, die nicht nach Gesetz, Statuten oder Reglementen einem anderen Organ übertragen sind.
Der Verwaltungsrat der GIS Daten AG setzt sich paritätisch zusammen aus den beteiligten Kantonen und Interessenvertreter:
Josef Niederberger, Regierungsrat NW;
Vertreter des Kantons Nidwalden, Präsident
Daniel Wyler, Regierungsrat OW;
Vertreter des Kantons Obwalden, Vizepräsident
Dr. Andreas Bacher, AWL OW;
Vertreter des Kantons Obwalden
René Küchler, Gemeinderat Stansstad;
Vertreter der Gemeinden Nidwalden
Thomas Dinkel, Architekt;
Vertreter der Privaten
Stephan Flury, Leiter Bereich Infrastruktur und Raumentwicklung Gemeinde Sarnen;
Vertreter der Gemeinden Obwalden
Viktor Schmidiger, Vorsteher AGM NW;
Vertreter des Kantons Nidwalden
Remo Infanger, Direktor EWN;
Vertreter des EW Nidwalden / EW Obwalden
Beat Mächler, Sales Director Zentralschweiz;
Vertreter der Swisscom (Schweiz) AG