Unter Ökomorphologie versteht man die strukturelle Ausprägung eines Gewässers und seiner Uferbereiche.
Anhand der Breitenvariabilität, der Verbauung der Sohle und der Ufer sowie der Breite und Beschaffenheit des Uferbereiches wird abschnittsweise der Grad der Natürlichkeit der Gewässer beurteilt.
Lage und Höhe von Abstürzen und Bauwerken liefern zudem Informationen bezüglich der Durchgängigkeit des Gewässers für Fische und andere Lebewesen.